1884 beschloss der Gemeinderat von Plagwitz den Bau einer Kirche. Dazu wurde 1885 die Kirchgemeinde Heiland gegründet, die zu diesem Zeitpunkt bereits 17 700 Seelen zählte. Die veranschlagte Bausumme betrug 231 000 Mark, als Architekt beauftragte man Johannes Otzen aus Berlin. Am 25.03.1886 erfolgte der erste Spatenstich.

Die Glocken wurden am 23.12.1887 geweiht und die Kirche am 26.08.1888. Bereits in den Jahren 1909/10 wurde die Heilandskirche abermals durch Johannes Otzen umgestaltet. Sie erhielt eine neue Turmvorhalle und der Orgelchor wurde erweitert, weiterhin erneuerte man Innenfassade der Kirche.

Bekannte Persönlichkeiten der Stadt Leipzig wie z.B. Ernst Mey (Edlich & Mey), Rudolph Sack (Landmaschinenfabrik Rudolph Sack) sowie Hermann Pfabe (Direktor der Leipziger Wollgarnspinnerei) u.a. waren Teil der Gemeinde. 

Nachdem man 1917 die Glocken zu Kriegszwecken entfernt hatte, erwarb man 1919 – 20 drei Stahlglocken, die am 15.08.1920 geweiht wurden. Durch den Zweiten Weltkrieg war die Heilandskirche so sehr beschädigt, dass sie einige Zeit nicht mehr genutzt werden konnte. Die erst 1910 erbaute Turmvorhalle riss man 1953–54 wieder ab. Der Innenraum der Kirche wurde neu ausgemalt, die Rosetten in den Fenstern vermauert und gefährdete Bauteile im Außenbereich abgenommen. Um den notdürftigen Erhalt der Kirche zu sichern, wurde 1981 der Kirchenraum auf Höhe der Empore geteilt. Der dadurch geschaffene Raum im unteren Bereich beherbergte bis 2018 das Kunstarchiv der Landeskirche und dient seitdem als Ausstellungs- und Veranstaltungsraum. Die historische Fensterverglasung wurde 1983 durch eine Klarverglasung ersetzt. Drei Jahre später erfolgte eine Neuausmalung des Innenraums in Anlehnung an die historische Bemalung. Außerdem wurden der Altar, die Kanzel und das Gestühl von 1888 entfernt.

1992 wurde mit der Turmrenovierung begonnen, die allerdings aus finanziellen Gründen 1995 abgebrochen werden musste. Deshalb läuten die Glocken der Heilandskirche nicht mehr zum Gottesdienst. Da die historische und mittlerweile älteste Sauer-Orgel Sachsens, eine Stiftung des Plagwitzer Fabrikanten Ernst Mey (Edlich & Mey), bereits seit 1976 nicht mehr gespielt werden kann, erhielt die Kirchgemeinde 1994 eine kleinere Orgel aus Holland. 

Im Jahr 2019 gründete sich der Interessenkreis Sauer-Orgel in der Heilandskirche. Um auf das bedeutende Instrument Aufmerksam zu  machen, finden seitdem Konzerte und Veranstaltungen auf der notdürftig reparierten Orgel statt um durch Spenden eine Sanierung voranzubringen.   

Das dringend sanierungsbedürftige Dach der Heilandskirche wurde 2013/14 neu gedeckt und im Jahr 2017 konnte die denkmalgerechte Sanierung der Fassade abgeschlossen werden.

Über das gesamte Jahr 2022 hinweg fanden in der Heilandskirche große Umbaumaßnahmen statt. Mit dem Umbau der Kirche entsteht eine Verbindung von sakralem Raum, gründerzeitlichem Industriecharme und modernem Lebensstil. Kommunikationsräume für Begegnung, Glaube und Kultur öffnen sich.

Seit 28. Oktober 2023 ist in dem Sakralbau das offene Zemtrum Westkreuz zuhause. Es dient als Ort für Familienfeste, Seminare, Konzerte, Ausstellungen, Theater und Podiumsdiskussionen sowie als Treffpunkt für Menschen aller Generationen und Religionen.

Die Heilandskirche ist Teil der Kirchgemeinde Leipzig Lindenau-Plagwitz.