Durch den gesellschaftlichen Wandel nach der »Wende« ging die Einwohnerzahl in den Wohnquartieren um die Heilands- und die Philippuskirche stark zurück. Davon waren auch die beiden Kirchgemeinden betroffen, so dass im Zuge der ersten Strukturreform die Heilands- und die Philippuskirchgemeinde auf Grund der geringen Gemeindegliederzahlen fusionieren mussten.

Am 01.01.1999 entstand die Kirchgemeinde Leipzig Lindenau-Plagwitz, deren Gemeindegebiet die Stadtteile Plagwitz, Lindenau und Neulindenau umfasst. Auf Grund der schwierigen Gemeindesituation nach der Fusion ging die Gemeindegliederzahl zunächst weiter zurück und viele Aktivitäten brachen ab. Während zunächst in beiden Kirchen abwechselnd Gottesdienst gehalten wurde, fasste der Kirchenvorstand auf Grund der wenigen Gottesdienstbesucher und dem hohen baulichen Investitionsbedarf den schweren Entschluss, die Gemeindearbeit auf einen Kirchenkomplex zu konzentrieren.

 

Seit 2003 finden deshalb in der Philippuskirche keine regelmäßigen Gottesdienste und Gemeindeveranstaltungen statt. Der Gemeindesaal der Philippuskirche wird zu besonderen Anlässen von der Gemeinde genutzt und steht ansonsten zur Vermietung für verschiedene Zwecke bereit.

Inzwischen wächst die Kirchgemeinde Leipzig Lindenau-Plagwitz wieder, sowohl statistisch als auch in den gemeindlichen Aktivitäten. 

Seit 2006 bildet die Kirchgemeinde Leipzig Lindenau-Plagwitz ein Schwesterkirchverhältnis mit zwei benachbarten Gemeinden, der Bethanienkirchgemeinde Schleußig und der Taborkirchgemeinde Kleinzschocher. Die Pfarrer, Gemeindepädagogen und Kantoren arbeiten gemeinsam in den drei Kirchgemeinden. Inhaltliche Schwerpunkte der Zusammenarbeit zwischen den Gemeinden bilden vor allem die Kinder- und Jugendarbeit sowie gemeinsame Gottesdienste zu besonderen Anlässen. Schrittweise soll diese Kooperation weiter ausgebaut werden.